Departamento Administrativo: é responsável por toda a parte administrativa interna, e juntamente com a diretoria supervisiona as atividades dos demais departamentos.

Comissão Geral de Publicações

Esta comissão é a responsável pelas publicações, edições e divulgações do Centro Islâmico no Brasil, seja em quais meios for, a qual é supervisionada diretamente pela presidência do Centro Islâmico no Brasil. Esta comissão está vinculada aos seguintes departamentos:

a) Departamento Cultural
b) Departamento de Tradução
c) Departamento de Revisão
d) Departamento de Publicações e Edições
e) Departamento de Estudos e Pesquisas Sociais
f) Departamento de Estudos e Pesquisas Religiosas
g) Departamento de Relações Públicas
h) Departamento de Auxílio Religioso e Social

Departamento Cultural: é responsável pelas diversas atividades culturais tais como: edições, atividades educacionais, artísticas, turísticas e outras. Este departamento divulgará todas as suas atividades culturais através de diversos tipos de comunicação.

Departamento de Tradução: é o responsável pelas traduções em geral ligadas ao Centro Islâmico no Brasil. Este departamento é composto de vários membros que dominam os principais idiomas do mundo, e está ligado à Comissão Geral de Publicações do Centro Islâmico no Brasil, a qual supervisiona as suas atividades através do Departamento de Publicações e Edições.

Departamento de Revisão: é o responsável pela revisão das traduções em geral do Centro Islâmico no Brasil. Este departamento é composto de vários membros que dominam os principais idiomas do mundo, e está ligado à Comissão Geral de Publicações do Centro Islâmico no Brasil, a qual supervisiona as suas atividades através do Departamento de Publicações e Edições.

Departamento de Publicações e Edições: é o responsável pela organização e administração de todas as publicações, edições e divulgações do Centro Islâmico no Brasil.

Departamento de Estudos e Pesquisas Sociais: é o departamento responsável por organizar e executar todas as atividades relacionadas a estudos e pesquisas sociais, dentro dos mais variados temas, que são ligadas ao Centro Islâmico no Brasil.

Departamento de Estudos e Pesquisas Religiosas: é o departamento especialmente responsável por organizar e executar os estudos e pesquisas religiosas ligadas ao Centro Islâmico, versando sobre diversos assuntos religiosos.  

Departamento de Relações Públicas: É responsável pela organização e execução de relacionamentos que o Centro Islâmico possui com diversos setores e autoridades sociais, nacionais e internacionais, tais como políticos, organizações, associações, entidades, clubes, centros e setores religiosos nacionais e internacionais e a comunidade Islâmica do Brasil. Também é responsável pela recepção de personalidades e delegações nacionais e internacionais, e é responsável por abrir novos canais de contato com setores diversos da sociedade, tanto nacional quanto internacional. Este departamento também é responsável pelas relações públicas e comunicações do Centro Islâmico, emitindo notas, comunicados, assistindo à imprensa, enfim, tudo que se relacione com sua área de atuação.

Departamento de Auxílio Religioso e Social: este departamento é responsável por todas as atividades de auxílio religioso e social que requerem a atenção das autoridades religiosas e do Centro Islâmico no Brasil, como matrimônios, divórcios, conversão ao Islam, supervisão de testamentos de herança, serviços fúnebres, solução de conflitos e etc

Outros departamentos são:

Departamento Jurídico: é o departamento responsável por tratar de todas as questões de ordem legal e jurídica ligadas ao Centro Islâmico no Brasil e ao Islam em geral.

Departamento Feminino: Este departamento é responsável por tratar de todas questões ligadas às mulheres em geral. Este departamento é exclusivamente liderado por mulheres que fazem parte do corpo de membros do Centro Islâmico no Brasil. 

Departamento Financeiro: Este departamento trata de todas as questões financeiras ligadas ao Centro Islâmico no Brasil, tais como recebimento de doações diversas para que possa dar continuidade às suas atividades. E é o responsável pelas remunerações e doações em geral para funcionários e membros, e diversos outros setores, de acordo com a prioridade. 

Departamento de Auxílio e Supervisão Halal: É o responsável pelo auxílio e supervisão halal que certifica o caráter lícito de produtos diversos direcionados à comunidade Islâmica no Brasil e no mundo. Esse departamento possui eu próprio web site, que pode ser visitado clicando aqui.

Departamento de Informática: É responsável por toda parte eletrônica e informatizada do Centro Islâmico no Brasil, tais como seus web sites, Internet e softwares usados pelo Centro Islâmico no Brasil. 

Departamento de Segurança: É responsável pela segurança e a proteção do presidente, da diretoria e patrimônios do Centro Islâmico no Brasil.